Der Roman „Faulhabers Komet“ entwirft ein lebendiges Porträt der Reichsstadt Ulm im frühen 17. Jahrhundert. Eingebettet ist die Geschichte in eine moderne Rahmenhandlung, in der ein Erzähler im Nachlass seiner verstorbenen Tante eine alte Chronik findet und sich auf eine Spurensuche begibt. Er reflektiert dabei den fundamentalen „Mentalitätenwechsel“ an der Schwelle zur Moderne, der sich an der Figur Faulhaber zeigt.
In der Anfangsszene der historischen Binnenerzählung stehen der alternde Rechenmeister Johannes Faulhaber und sein jüngerer, pragmatischer Rivale, der Stadtbaurat Joseph Furttenbach auf der Ulmer Stadtmauer, sie beobachten eine anwachsende Schar von Flüchtlingen, die nach Ulm eingelassen werden wollen, aus Angst vor dem herannahenden Feind. Während Furttenbach die anbrandenden Flüchtlingsströme des Dreißigjährigen Krieges vor den Toren Ulms als Bedrohung der Stadtgesundheit sieht, blickt Faulhaber mit Mitgefühl auf das Elend.
Faulhaber, der sich als Junge in der Weberei seiner Mutter durch die Beobachtung des Webens für Muster, Zahlen und Mathematik begeisterte, sucht zeit seines Lebens nach der göttlichen Ordnung im Kosmos. Für ihn sind Zahlen qualitative Charaktere. Mithilfe der „Coss“ (Algebra) erforscht er figurierte Zahlen und Pyramidalzahlen, um die biblische Apokalypse und die Zahl des Tieres (666) zu entschlüsseln. In dieser apokalyptischen Naherwartung verbindet ihn eine tiefe Freundschaft mit dem Bäckermeister Noah Kolb. Kolb ist ein „Wahrträumer“, der in prophetischen Visionen ein herannahendes Friedensreich ohne Standesunterschiede voraussieht. Doch diese Endzeitbegeisterung bringt beide in Konflikt mit der lutherischen Orthodoxie und dem Rat. Als Faulhaber durch kabbalistische Berechnungen das verhasste Haus Habsburg als den biblischen Endzeit-Feind „Gog“ identifiziert, und dementsprechende Schriften verbreitet, werden beide im berüchtigten Diebesturm eingesperrt. Während Faulhaber dank der Fürsprache seiner schwangeren Frau Ursula freikommt, muss Kolb Zwangsarbeit leisten.
Noahs Schicksal endet tragisch: Er verfällt dem Alkohol und wird beschuldigt, viele Frauen und die siebenjährige Schülerin Katharina verführt zu haben. Unter Androhung der Folter gesteht er alles und wird schließlich zum Tode verurteilt. Er stirbt furchtlos und geistliche Lieder singend durch das Schwert auf dem Galgenberg.
Ein weiterer Brennpunkt der Geschichte ist der Ulmer Kometenstreit von 1618. Faulhaber sichtet den von ihm mit Hilfe der Ephemeriden Keplers vorhergesagten Kometen, der später als Ankündigung des dreißigjährigen Krieges galt, als erster vom Münsterturm aus. Doch sein Kollege Rektor Hebenstreit und der Superintendent Dieterich bezichtigen ihn der „Wunderkünste“ und Zensurverletzung. In einer Anhörung in der Münsterbauhütte muss Faulhaber seine arithmetische Methode mühsam verteidigen.
Inmitten dieser Wirren kommt es 1619 zu einer symbolhaft zu nennenden Begegnung: Der junge französische Soldat Du Perron, aka René Descartes, besucht Faulhaber unter dem Pseudonym „Polybius“, um von ihm Aufklärung über die Rosenkreuzer zu erlangen, da Faulhaber von der Obrigkeit der Stadt als ein solcher verdächtigt wird. Descartes verblüfft den Rechenmeister, indem er scheinbar unlösbare mathematische Aufgaben spielerisch meistert. Faulhaber hält ihn im mystischen Überschwang kurz für einen Engel oder den prophezeiten „Elias Artista“. Doch im Dialog offenbart sich eine unüberbrückbare Kluft: Während Faulhaber an einer organischen Welt voller Resonanzen festhält, sucht Descartes nach einer universellen Methode des radikalen Zweifels und der mechanistischen Naturerklärung. Im soldatischen Winterquartier nahe Ulms erfährt Descartes jene berühmten drei Träume, die ihm seine Berufung offenbaren, die Wissenschaften auf das feste Fundament der Vernunft zu stellen.
Das Ende beider Denker ist von Melancholie geprägt. 1635 wütet die Pest grausam in Ulm. Faulhaber, der sich im Sterben im Gedächtnispalast seiner Erinnerungen verliert, erliegt schließlich der Seuche. Seine Entwürfe und Modelle verschwinden im städtischen Archiv. Descartes stirbt Jahre später, im Jahr 1650, im eisigen Stockholm an einer Lungenentzündung. Der Roman schließt mit philosophischen Fragen des Erzählers: Im Streben nach der mechanistischen Weltbeherrschung der Moderne, die Descartes einläutete, ging die hermetische Einheit von Wahrheit, Gutem und Schönem verloren – ein Verlust, über den der moderne Betrachter nachdenklich reflektiert.